Исследование представляет PatchMAN2 — улучшенную версию вычислительного протокола для докинга пептидов к белкам, который решает задачу поиска связывающих сайтов и конформаций пептидов. Методология основана на биомеханическом подходе, рассматривающем докинг как проблему фолдинга белка, с использованием структурных мотивов из решённых структур в качестве шаблонов, которые затем уточняются с помощью Rosetta FlexPepDock. Ключевые инновации PatchMAN2 включают стратегическую фильтрацию фрагментов и локальные режимы докинга, которые фокусируют поиск на релевантных поверхностях или известных связывающих регионах. Бенчмаркинг показал, что PatchMAN2 удаляет 30-70% ненужных фрагментов при сохранении точности, что существенно сокращает время вычислений и повышает практическую эффективность докинга пептид-белковых взаимодействий. Это критически важно для разработки лекарств, так как пептид-белковые взаимодействия часто являются транзиторными и структурно неуловимыми, требуя вычислительных подходов для их идентификации. Результаты делают метод более практичным для рутинного использования в исследовательских и фармацевтических лабораториях.