обработка данных

В статье представлен RastQC — новый инструмент для контроля качества данных высокопроизводительного секвенирования, написанный на языке Rust. Разработчики создали полную замену стандартному инструменту FastQC, устранив недостатки, связанные с зависимостью от Java, такие как высокий расход памяти и сложность развертывания. RastQC включает 12 стандартных модулей контроля качества, а также 3 дополнительных модуля для анализа длинных чтений (long-read), поддерживая форматы Oxford Nanopore (Fast5/POD5) и SOLiD. Тестирование на данных различных организмов, включая Homo sapiens, показало, что RastQC потребляет в 4–9 раз меньше оперативной памяти (59–125 МБ против 551–638 МБ у FastQC) при сохранении сопоставимой скорости работы. Инструмент демонстрирует 100% конкордантность с FastQC по результатам общих модулей и поставляется в виде единого статического бинарного файла размером всего 2,1 МБ. Это делает его крайне эффективным для интеграции в биоинформатические конвейеры и облачные системы обработки геномных данных.