Представлен новый модульный фреймворк STAPLE, разработанный для решения проблемы фрагментации рабочих процессов в анализе пространственной транскриптомики. Традиционные методы анализа часто требуют использования разрозненных инструментов для типирования клеток, определения их окружения и изучения межклеточной коммуникации, что затрудняет масштабируемость и воспроизводимость. STAPLE объединяет эти разрозненные этапы в единую систему с унифицированными структурами данных, позволяя проводить сквозной анализ (end-to-end) с помощью одной команды. Ключевой инновацией является интеграция интеллектуального уровня отчетности на базе ИИ, который синтезирует количественные результаты в структурированные биологические резюме. Это значительно упрощает интерпретацию сложных данных и автоматизирует процесс извлечения биологических смыслов. Инструмент направлен на повышение строгости и воспроизводимости исследований в области пространственной биологии.